Thủy Tổ khai cơ Hòa Thượng Ðại Bửu (1740-1765), Pháp hiệu là Kim Cang Ðại Lão Tổ Sư. Ngài quán Quảng Nam băng ngàn vào Hiền Lương hoằng pháp. Năm Cảnh Hưng thứ 22, tức năm 1761 Dương Lịch mới lập Chùa đúc chuông, gây cơ sở vững chắc.
       
Ban sơ chùa gọi là Sa Long Tự. Triều Tự Ðức, năm thứ 21 (1867) Chùa bị thất hỏa. Sau khi xây cất lại, cải tên là Linh Sơn Tự. Từ ấy đến nay, chùa đã được trùng tu nhiều lần. Kiểu thức cổ pháp, và hoàn toàn Việt Nam. Mái ngói tường gạch. Chánh điện ba gian, phía đông phía tây có tăng phòng, tịnh thất. Cách thờ phụng đơn giản nhưng trang nghiêm, đại khái cũng như các Chùa cổ ở Trung Việt. Vườn Chùa rộng rãi và có nhiều cây cối tươi mát. Phía trước có tường vôi và cửa Tam quan cổ kính. Trước mặt Chùa là đồng lúa bát ngát, có hồ sen sâu rộng, có sông Hiền Lương quanh co. Và xa xa núi cao chập chờn. Phong cảnh đăng quang nhưng thanh tịnh.


Chùa Linh Sơn có tiếng linh thiêng. Việc quả hồng chung trở về Chùa làm cho các tín đồ thêm vững lòng tin mộ đạo. Lại một sự kiện nữa xảy ra thời Tiền Chiến, khiến người kém đức tin cũng phải tin rằng Chùa linh thiêng thật sự. Lúc bấy giờ Nhật đóng quân khắp lãnh thổ Việt Nam. Tàu bay Mỹ ngày nào cũng đến oanh tạc. Khánh Hòa cũng không thoát khỏi nạn bom rơi.
       
Năm 1944, một quả bom hạng nặng rơi ngay trên nóc Chùa. Nhưng không nổ và cũng không lăn xuống đất. Ai cũng thấy làm lạ. Vì quả bom này nếu nổ thì Chùa bị tan tành, không nổ thì sức nặng cũng đủ chọc thủng nóc Chùa hoặc lăn theo mái Chùa để xuống đất bằng cho hợp lý. Cớ chi lại nằm chình ình trên nóc, mà tứ bề không có vật gì cản ngăn? Người Nhật nghe tin bom nằm trên nóc Chùa thì đến mang đi, chớ không một lời giải thích. Các ông già bà cả bảo rằng: Các vị thần giữ Chùa làm cho quả bom tắt ngòi. Rồi để cho người đời tin sự linh thiêng, các Ngài đem bom đặt trên nóc Chùa và giữ không cho rơi xuống đất. Người đã tin thêm tin, người không tin không biết sao mà cải.  
       
Chùa Linh Sơn là Tổ đình của hầu hết các chùa quận Vạn Ninh.